Huvudskillnaden mellan prototropi och tautomerism är att prototropi diskuterar två former av en molekyl som skiljer sig från varandra endast i läge för en viss proton medan tautomerism diskuterar omvandlingen av två strukturella isomerer via omplacering av atomer eller bindningar.
Prototropi är en form av tautomerism; det är den vanligaste formen av tautomerism. Tautomerism är ett begrepp inom organisk kemi som beskriver omvandlingen av en strukturell isomer till en annan isomer via omplacering av atomer eller bindningar. Om omplacering sker i en proton i molekylen, kallar vi det prototropi. Därför är denna typ av tautomerism känd som prototropisk-tautomerism.
