Huvudskillnaden mellan gametofytisk och sporofytisk självkompatibilitet är att i gametofytisk självkompatibilitetssystem bestäms pollenfenotyp av dess gametofytiska haploida genotyp medan i sporofytisk självkompatibilitet bestäms pollenfenotyp av den diploida genotypen av växten.
Självinkompatibilitet är en pollineringsmekanism i växter. Det förhindrar främst självbestämning och verkställer korsbestämning, vilket är en evolutionär fördel. Självinkompatibilitet uppstår som ett resultat av negativa kemiska interaktioner mellan pollen och stilvävnad inom samma allel. Även om pollen och pistiller är livskraftiga och bördiga, sker inte pollingroing i dessa växter. När pollenspirning inte sker kan pollenröret inte bildas. Då misslyckas pollen med att leverera manliga könsceller till kvinnliga könsceller för befruktning. Som ett resultat kan de inte producera frön.
Det finns två stora självkompatibilitetssystem som gametofytisk självkompatibilitet och sporofytisk självkompatibilitet. De är system för självkompatibilitet med enstaka locus som är baserade på en enda multi-allelic locus (S). Detta lokus består av en pistill som uttrycker S-gen och en pollen som uttrycker S-gen.
