Nyckelskillnad - Bakteriella transposaser vs retrovirala integraser
Det transportabla genetiska materialet har utvecklats med två huvudstrategier för att flytta från en region till nästa region inom och mellan genomerna. En metod är att förflytta sig genom en RNA-molekyl innan bildandet av en DNA-molekyl medan den andra vägen involverar DNA-mellanprodukter. Transposaser och virala integraser är exempel på sådant transponerbart genetiskt material. Bakteriella transposaser binder till slutet av transposoner och underlättar katalys av transposonrörelsen till en annan del av genomet genom olika mekanismer. Retrovirala integraser är enzymer som hjälper till att integrera det genetiska materialet i retrovirus, såsom HIV, i det genetiska materialet (DNA) hos värdcellen som det infekterar. Detta är nyckelskillnaden mellan bakterietransposaser och retrovirala integraser.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är bakteriella transposaser
3. Vad är retrovirala integraser
4. Likheter mellan bakteriella transposaser och retrovirala integrationer
5. Jämförelse sida vid sida - Bakteriella transposaser jämfört med retrovirala integraser i tabellform
6. Sammanfattning
Vad är bakterietransposaser?
Transposas kan definieras som ett enzym bundet till slutet av transposoner som underlättar katalys av transposonrörelsen till en annan del av genomet genom olika mekanismer. Sådana mekanismer inkluderar "klipp-och-klistra-mekanism" och "replikativ transponeringsmekanism". Transposas infördes först genom kloning av enzymet som behövs för transponering av Tn3-transposon. Två viktiga strategier har använts av de transponerbara genetiska elementen för förskjutning mellan genom eller från en plats till en annan. Transporten genom en mellanprodukt av RNA före syntesen av en DNA-kopia är en strategi medan den andra binds till enbart DNA-mellanprodukter. Rekombinationsreaktionerna som är involverade i integrationen av båda elementen äger rum på grund av elementspecifika enzymer. Således,i en instans av DNA-element är dessa enzymer kända som transposaser medan i en instans av RNA-element är de kända som integraser.
När man jämför skillnaderna mellan båda transpositionsstrategierna verkar processen för införande vara identisk kemiskt. Men de senaste bevisen föreslår att vissa likheter i integrationsmekanismen ses i regionerna av aminosyrasekvenser som bildar en aktiv plats; DDE-motivet. Fem familjer av transposaser klassificeras för närvarande men antalet familjer har ännu inte ökat med nya transposase-tecken. Familjerna inkluderar DDE-transposas, Tyrosin (Y) -transposas, Serin (S) -transposas, Rullande cirkeltransposas, Omvända transkriptaser / endonukleaser (RT / En) etc. Dessa familjer använder unika katalytiska mekanismer för brytning och återförening av DNA. DDE-transposasen involverar i klipp- och klistra-mekanismen för det ursprungliga transposonet och bär tre uppsättningar konserverade aminosyror, nämligen;aspartat (D), aspartat (D) och glutamat (E). Tyrosintransposaserna involverar också i kapnings- och klistermekanismen genom användning av tyrosinrester, som är platsspecifik.
Figur 01: Bakteriella transposaser
Serintransposaserna involverar en mellanliggande cirkulär DNA och utför mekanismen för klippning och klistra precis som ovanstående familjer. Den rullande cirkeltransposasen involverar i kopieringsmekanismen där en enda sträng kopieras direkt till målstället genom DNA-replikering. Detta säkerställer att mallsträngen och den kopierade strängen har en tråd som nyligen syntetiserats. De omvända transkriptaserna / endonukleasetransposaserna har olika mekanismer för transposition.
Vad är retrovirala integraser?
I samband med retroviralt integras betraktas det som ett retroviralt enzym som hjälper till att integrera det genetiska materialet i retrovirus såsom HIV i det genetiska materialet (DNA) i cellen som är infekterad. Dessa retrovirala integraser blir oftast förvirrade med fagintegraser. Exempel på fagintegraser är λ-fagintegras. Men det här är helt olika enzymer och bör inte förväxlas med. När det gäller bildandet av retroviralt preintegrationskomplex spelar retroviralt integras en viktig roll. Retrovirala integrasproteiner består vanligtvis av tre (03) kanoniska domäner. Dessa domäner är anslutna av flexibla länkar.
De tre domänerna inkluderar en N-terminal zinkbindande domän där tre spiralformade buntar är anslutna och stabiliserade genom samordning med inblandning av en Zn 2+katjon, en RNas H-katalytisk kärndomän och en C-terminal DNA-bindande domän, som är en SH3-fold. Genom undersökning och genom biokemisk och strukturell information antyder det att retroviralt integras har förmågan att fungera som en dimer av dimmer (tetramer). I samband med multimerisering och viral DNA-bindning, alla tre domänerna i det retrovirala integrasproteinet. Den viktigaste funktionen för retroviralt integras är att infoga dess genetiska material till värd-DNA. Detta steg är det viktigaste steget i viral replikering av HIV-virus. När den väl har integrerats kommer den att finnas där i cellens kromosomala DNA under resten av dess livslängd.
Figur 02: Retrovirala integreringar
Därför, när den väl är integrerad finns det ingen retur för cellen. Dessa retrovirala integraser involverar i katalyseringen av två huvudreaktioner inkluderande 3'-ändbearbetning och kovalent ligering. Under 3'-slutbehandlingen avlägsnas 2-3 nukleotider från båda 3'-ändarna av viralt DNA med avsikt att avslöja CA-dinukleotiderna i 3'-ändarna av viralt DNA, och under kovalent ligering kommer de bearbetade 3'-ändarna av viralt DNA ligeras kovalent in i kromosomalt värd-DNA.
Vad är likheten mellan bakterietransposaser och retrovirala integraser?
Både bakterietransposaser och retrovirala integraser har liknande aminosyrasekvenser
Vad är skillnaden mellan bakterietransposaser och retrovirala integraser?
Skilja artikeln mitt före bordet
Bakteriella transposaser vs retrovirala integraser |
|
| Bakteriellt transposas är ett enzym bundet till slutet av transposoner medan det underlättar katalysen av transposonrörelsen till en annan del av genomet genom olika mekanismer. | Retrovirala integraser betraktas som ett retroviralt enzym som hjälper till att integrera det genetiska materialet i retrovirus såsom HIV i det genetiska materialet (DNA) i cellen som är infekterad. |
| Bindande regioner | |
| Höga specifika bindningsregioner behövs för bakteriella transposaser. | Mindre eller ingen nukleotidsekvens behövs för bindning. |
Sammanfattning - Bakteriella transposaser vs retrovirala integraser
Bakteriella transposaser betraktas som ett retroviralt enzym som hjälper till att integrera det genetiska materialet av retrovirus såsom HIV i det genetiska materialet (DNA) i cellen som är infekterad. Två viktiga strategier har använts av de transponerbara genetiska elementen för förskjutning mellan genom eller från en plats till en annan. Fem familjer av transposaser klassificeras för närvarande men antalet familjer har ännu inte ökat med nya transposase-tecken. Retroviralt integras, anses det som ett retroviralt enzym som hjälper till att integrera det genetiska materialet av retrovirus såsom HIV i det genetiska materialet (DNA) i cellen som är infekterad. Retrovirala integrasproteiner består vanligtvis av tre (03) kanoniska domäner. Den huvudsakliga funktionen av retroviralt integras är att infoga dess genetiska material till värd-DNA. Detta steg är det viktigaste steget i viral replikering av HIV-virus. Därför, när den väl är integrerad finns det ingen retur för cellen. Detta är skillnaden mellan bakteriella transposaser och retroviralt integras.
Ladda ner PDF-filen med bakterietransposaser vs retrovirala integraser
Du kan ladda ner PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citat. Ladda ner PDF-versionen här: Skillnaden mellan bakterietransposaser och retrovirala integraser
