Den viktigaste skillnaden mellan bakteriella endosporer och svampsporer är den cellulära organisationen av de två typerna av sporer. Bakteriella endosporer är vilande strukturer som finns i prokaryota bakterier. Svampsporer är reproduktiva strukturer som finns i eukaryota svampar.
Bakteriella endosporer finns i bakteriecellerna, och de är vilande strukturer som kan överleva de tuffa miljöförhållandena. Följaktligen spirar dessa endosporer när lämpliga miljövillkor uppfylls. Däremot är svampsporer exosporer som släpper ut till utsidan för sporulering.
