Huvudskillnaden mellan medicinsk kemi och farmaceutisk kemi är att medicinsk kemi handlar om design, optimering och utveckling av nya kemiska föreningar för att använda dem som läkemedel medan farmaceutisk kemi behandlar studier av läkemedel och deras utveckling.
Både läkemedelskemi och farmaceutisk kemi behandlar de läkemedel eller läkemedel som vi använder för att behandla olika sjukdomar. Båda dessa områden diskuterar design och utveckling av läkemedel med mycket små skillnader. En sådan skillnad är att medicinsk kemi studerar inte bara läkemedel utan även verkningsmekanismerna för dessa läkemedel i vår kropp.