Huvudskillnaden mellan bioreaktor och fermentor är den typ av biokemisk reaktion som äger rum inuti de slutna kärlen. En bioreaktor underlättar alla typer av biokemiska reaktioner, men en fermentor underlättar endast jäsning.
Tillämpningen av bioteknik i branschen är ett intressant vetenskapligt område. Dessa applikationer varierar från mikrobiella applikationer till djurbaserade applikationer. Dessutom varierar bioteknikens industriella tillämpningar mellan huvudområden som jordbruk, medicin och olika industrier. Bioreaktorer är slutna kärl där de nödvändiga förhållandena skapas för att underlätta olika typer av biokemiska reaktioner. Fermentorer tillhör gruppen bioreaktorer, men det är speciellt att endast utföra jäsning.