Huvudskillnaden mellan plasmid och kromosom är att plasmiden är en cirkulär dubbelsträngad extra-kromosomal DNA-struktur av bakterier medan kromosomen är en välorganiserad trådliknande struktur som innehåller genomiskt DNA tätt lindat med proteiner.
Bakteriecellen innehåller en kromosom och flera extra-kromosomala DNA-cirklar som kallas plasmider. Bakteriell kromosom innehåller bakteriens genomiska DNA. Dessutom finns eukaryot genomiskt DNA också som kromosomer. Det mänskliga genomet har 46 kromosomer. Generellt finns plasmider i bakterier och archaea. Även om bakterier har plasmider, innehåller plasmider inte generna som är nödvändiga för överlevnad av bakterier och deras huvudsakliga funktioner. Plasmider innehåller emellertid flera gener som ger ytterligare fördelar för bakterier såsom antibiotikaresistens, torktolerans, herbicidresistens etc. Syftet med denna artikel är att diskutera skillnaden mellan plasmid och kromosom i detalj.