Huvudskillnaden mellan helikas och topoisomeras är att helikas är ett enzym som separerar två komplementära DNA-strängar genom att bryta vätebindningar mellan baserna i två strängar medan topoisomeras är ett enzym som tar bort positiva och negativa superspolar som bildas under avlindningsprocessen av DNA genom skärning och återförslutning av en eller båda delarna av DNA-duplexen.
DNA är en dubbel helix. Den finns i två komplementära strängar bundna samman via vätebindningar. DNA-replikering, transkription och DNA-reparation kräver att två strängar separeras från varandra för att göra nya kopior, göra mRNA och lägga till nukleotider för att reparera. De två enzymerna helikas och topoisomeras spelar in vid denna punkt. Därför är både helikas och topoisomeraser väsentliga vid DNA-avveckling. Helicase separerar dubbelsträngat DNA i enkla strängar genom att bryta vätebindningarna mellan nukleotidbasparen i dubbelsträngat DNA. Däremot frigör topoisomeras DNA-vridningen och lindrar DNA-superspolens natur genom att skära DNA-fosfatkedjan antingen i en eller båda strängarna.
