Huvudskillnaden mellan UPGMA och grannförenande träd är typen av fylogenetiskt träd som följer av varje metod. UPGMA är tekniken för att bygga ett rotat fylogenetiskt träd medan grannförenande träd är tekniken för att konstruera ett rotfritt fylogenetiskt träd.
Fylogenetiska träd är trädliknande diagram som visar evolutionära förhållanden mellan organismer. Ett fylogenetiskt träd kan ha olika topologier beroende på tekniken som används för trädkonstruktion. UPGMA och grannanslutande träd är två huvudmetoder som bygger fylogenetiska träd.
