Huvudskillnaden mellan primära och sekundära metaboliter är att primära metaboliter är slutprodukterna av metabolism som direkt deltar i normal tillväxt, utveckling och reproduktion av en organism medan sekundära metaboliter är metaboliter som inte direkt deltar i normal tillväxt, utveckling och reproduktion av en organism.
Metaboliter deltar i tillväxten av organismer genom metabolismprocessen. Metabolism är summan av alla biokemiska reaktioner som förekommer i en organism. Det finns två huvudkategorier av metaboliter beroende på ursprung och funktion. De är primära metaboliter och sekundära metaboliter.