Huvudskillnaden mellan det första och det andra budbärarsystemet är att det första budbärarsystemet avser de extracellulära signalmolekylerna medan det andra budbärarsystemet avser de intracellulära signalmolekylerna.
Första och andra budbärarsystem består av olika typer av signalmolekyler. Första budbärare är extracellulära molekyler, ofta hormoner eller neurotransmittorer. Däremot är andra budbärare intracellulära molekyler som överför signaler från cellmembranreceptorer till mål i cellen. Cellsignaleringsprocessen initieras när signalmolekylen (ligand) binder till receptorn i en cell. Denna bindning förändrar receptors intracellulära domän, vilket utlöser intracellulär signalväg.
