Nyckelskillnad - Säkerhetsdatablad jämfört med infödd sida
SDS och native page är två typer av polyakrylamidgelelektroforestekniker som används i molekylärbiologi. Huvudskillnaden mellan SDS-sidan och Native-sidan är typen av polyakrylamidgel som används. I SDS-sidan används därför en denaturerande gel, molekyler separeras baserat på deras molekylvikt. I Native Page används däremot icke-denaturerande geler. Därför separeras molekyler baserat på storlek, laddning och form.
Polyakrylamidgelelektrofores (sida) använder en gel framställd genom att polymerisera akrylamidmonomerer med metylenbisakrylamid. Polyakrylamiden är hårdare och mer värmestabil än agaros. Polyakrylamidgelerna har en mindre porstorlek som möjliggör effektiv separation av proteiner. Det finns två huvudtyper av sidinställningar, nämligen SDS Page och Native Page. SDS-sida eller natrium-dodecylsulfat Polyakrylamidgelelektrofores separerar proteiner baserat på deras molekylvikter. Denaturerande geler används i SDS-sidan. Native Page använder icke-denaturerande geler och separerar proteiner baserat på deras storlek, laddning och form (3D-konformation).
INNEHÅLL
1. Översikt och Key Skillnad
2. Vad är SDS Page
3. Vad är Native Page
4. Likheter Mellan SDS sida och Native Page
5. Sida vid sida jämförelse - SDS Page vs Native sida i tabellform
6. Sammanfattning
Vad är SDS-sidan?
SDS-sida är den vanligaste elektroforetiska tekniken som används för att separera proteiner baserat på deras molekylvikt. Gelén tillverkas genom tillsats av SDS (Sodium dodecyl sulfate), som är ett tvättmedel. SDS proteserar proteiner i monomerer. SDS är ett anjoniskt rengöringsmedel. Därför lägger den till en negativ nettoladdning till proteinerna inom ett brett pH-område. När den negativa nettoladdningen överförs till proteinmolekylerna bryts de komplexa strukturerna ned på grund av laddningsvariationen. På grund av den negativa laddningen lockar proteiner sig mot den positiva änden. Således reser molekyler med lägre molekylvikt snabbare på gelmatrisen och kan observeras nära anoden, medan proteinerna med högre molekylvikt observeras närmare brunnarna.
Bild 01: Säkerhetsdatablad
SDS-bindningen till polypeptidkedjan är proportionell mot dess relativa molekylvikt. Därför kan molekylmassan också bestämmas via SDS Page. Färgningen av SDS Page-gelerna görs genom bromfenolblå färgning. Tillämpningar av SDS-sidor sträcker sig i större utsträckning där det kan användas för att uppskatta den relativa molekylmassan och för att bestämma det relativa överflödet av proteiner i en proteinblandning. SDS Page kan också användas för att bestämma proteinfördelningen i en blandning av proteiner. SDS Page används också för att rena och bedöma proteiner. Det används som ett preliminärt förfarande för western blotting och hybridisering, som i sin tur används för proteinkartläggning och identifiering.
Vad är Native Page?
Naturlig polyakrylamidgelelektrofores (Native Page) använder en icke-denaturerande gel. Därför tillsätts inte SDS eller något annat denatureringsmedel till gelmatrisen. På Native Page baseras separationen av proteiner på proteinets laddning och storlek. Därför beror proteinets rörlighet på proteinets laddning och storlek.
Laddningen av proteinet beror på aminosyrornas sidokedjor. Om sidokedjorna är negativt laddade får proteinet en total negativ laddning och vice versa. Proteiner behåller en 3D-konformation på grund av vikningen som sker. Vikningsresultat från flera bindningstyper i proteiner såsom disulfidbindningar, hydrofoba interaktioner och vätebindningar. Därför, om den ursprungliga sidan bärs vid ett neutralt pH, kommer proteinerna att separeras i enlighet med proteinets molekylära form. Därför kan Native Page användas som en känslig teknik för att detektera förändringen i laddning eller konformation av proteinet.
Den största fördelen med native Page är att proteinet som används för sidanalysen kan återvinnas i sitt ursprungliga tillstånd efter sidanalysen, eftersom proteinet inte störs under processen. Native Page är en relativt hög genomströmningsteknik och proteinets stabilitet ökar.
Figur 02: Ursprunglig sida
Efter avslutad gelkörning kan Native Page-gelen ses genom färgning med bromfenolblått eller något annat lämpligt färgningsreagens. Tillämpningarna av Native Page inkluderar separering av sura proteiner inklusive glykoproteiner såsom humant rekombinant erytropoietin eller identifiering av proteiner som finns i Bovint Serum Albumin (BSA).
Vad är likheterna mellan SDS-sidan och Native-sidan?
- Både SDS Page och Native Page-system använder polyakrylamidgel som gelens matris.
- Båda används för separation och identifiering av proteiner.
- Båda använder elektroforetisk rörlighet för att separera föreningarna.
- Båda kan göras vertikalt eller horisontellt (oftast som vertikala sidinställningar eftersom körningslängden är mer).
- Elektroforesapparaten inkluderande geltanken, kammar, strömförsörjningen krävs för drift av båda teknikerna.
- Visualiseringen av gelén kan göras genom färgningsmetoder i båda teknikerna.
Vad är skillnaden mellan SDS-sida och native-sida?
Skilja artikeln mitt före bordet
Säkerhetsdatablad mot infödda sida |
|
| SDS-sida eller natriumdodecylsulfatsida separerar proteiner baserat på deras molekylvikt och den använder en denaturerande gel. | Native Page använder icke-denaturerande geler och separerar proteiner baserat på deras storlek, laddning och form (3D-konformation). |
| Typ av gel | |
| En denatureringsgel används på SDS-sidan. | En icke-denaturerande gel används på den ursprungliga sidan. |
| Närvaro av SDS | |
| SDS finns som ett tvättmedel för att ge en negativ laddning på provet i SDS-sidan. | SDS finns inte på den ursprungliga sidan. |
| Separationsgrund | |
| Separation av proteiner beror på proteinets molekylvikt på sidan SDS. | Separation beror på storleken och formen på proteinmolekylen på den ursprungliga sidan. |
| Proteinets stabilitet | |
| Proteinets stabilitet är låg på SDS-sidan. | Proteins stabilitet är hög på den ursprungliga sidan. |
| Återvinning av det ursprungliga proteinet | |
| Inte möjligt eftersom det denatureras på sidan SDS. | Möjligt på modersidan. |
Sammanfattning - SDS-sida vs Native-sida
SDS-sida och Native-sida är två typer av polyakrylamidgelelektroforestekniker som används för att separera proteiner. SDS Page behandlas med ett tvättmedel som kallas SDS. SDS ger en total negativ laddning till proteinet, vilket sedan resulterar i denaturering av proteinet. Därför separeras proteinerna baserat på deras molekylvikt. Däremot använder inte Native Page-tekniken något denatureringsmedel. Således separeras proteinerna antingen baserat på deras storlek eller form. Detta är skillnaden mellan SDS-sida och native-sida.
