Huvudskillnaden mellan insättnings- och ersättningsvektorer är att insättningsvektorn har förmågan att infoga måttliga längder av främmande DNA medan ersättningsvektorn har förmågan att rymma större längder av främmande DNA.
Fagvektorer är de bakteriofager som används för kloning. Det finns två typer av fagvektorer; de är införingsvektor och ersättningsvektor. Dessutom består alla fagvektorer av icke-essentiella gener. Dessa gener måste dock tas bort från fager för att underlätta nya främmande DNA-insatser.