Huvudskillnaden mellan Pagets sjukdom och eksem är att Pagets sjukdom är en fokal störning av benombyggnad, och eksem är ett inflammatoriskt tillstånd i huden som kännetecknas av grupper av vesikulära lesioner med varierande grad av utsöndring och skalning.
Pagets sjukdom uppstår på grund av mutationer i vissa gener såsom kärnfaktor kappa B, sequestosome p62 och osteoprotegerin. Å andra sidan uppstår eksem som ett resultat av de överkänslighetsreaktioner som är monterade mot olika allergener. Denna skillnad i patogenes är den huvudsakliga skillnaden mellan de två sjukdomarna.