Huvudskillnaden mellan prokaryotiskt och eukaryotiskt genom är att det prokaryota genomet finns i cytoplasman medan det eukaryota genomet begränsar sig inom kärnan.
Genom hänvisar till hela samlingen av DNA i en organism. Med andra ord är genomet det genetiska materialet i en organism som innehåller den totala genetiska informationen. Merparten av organismen har ett genom tillverkat av DNA. Vissa genom är dock RNA-baserade. Som ett exempel har vissa virus RNA-genom. När man överväger det totala genetiska materialet i en organism, inkluderar det inte bara generna eller de kodande sekvenserna. Den innehåller både gener och icke-kodande DNA-sekvenser.
Eftersom den genetiska informationen ligger inom genomet i form av gener, genomgår gener transkription och translation för att producera proteiner. Det finns en skillnad mellan prokaryota och eukaryota genomuttrycksprocesser. Dessutom skiljer sig lagring och replikering av båda genomen bland prokaryoter och eukaryoter. Men DNA-strukturen förblir densamma (Double Helix) i båda organismerna. Huvudskillnaden mellan prokaryotiskt och eukaryotiskt genom går med organismernas cellulära organisation och var genomet finns.
