Huvudskillnaden mellan nefridier och malpighian tubuli beror på deras förekomst i organismer. Nefridier är närvarande i nedre organismer såsom maskar och blötdjur medan malpighian tubuli finns i de bakre regionerna av insekter och markbundna leddjur.
Utsöndring är en viktig aspekt av levande organismer. Metaboliska vägar genererar olika utsöndringsprodukter som biprodukter. Ansamling av avfall i ett levande kroppssystem är dock giftigt och skadligt. Därför är närvaron av en mekanism för att avlägsna metaboliskt avfall från kroppen genom ett utsöndringssystem ett måste. Följaktligen finns olika typer av utsöndringsorgan närvarande i olika grupper av organismer. Nefridia och malpighian tubuli är två exempel på sådana utsöndringsorgan.
