Huvudskillnaden mellan genamplifiering och genkloning är att genamplifieringen är processen att göra många kopior av genen av intresse in vitro genom en polymeraskedjereaktion. Men genkloning är en process för att göra många kopior av genen av intresse in vivo genom att göra en rekombinant plasmid och omvandla den till en värdbakterie.
En gen är ett specifikt fragment av DNA som kodar för ett protein. En organism har tusentals gener. Dessutom är det möjligt att multiplicera DNA-sekvenserna för viktiga gener med hjälp av molekylärbiologiska tekniker. Genamplifiering och genkloning är två sådana procedurer. Båda förfarandena producerar många kopior av en gen av intresse. Det finns dock en skillnad mellan genamplifiering och genkloning när det gäller deras metodik.