Den viktigaste skillnaden mellan blodhjärnbarriären och blod-CSF-barriären är att blodhjärnbarriären är barriären som skiljer blodvävnaden och hjärnvävnaden medan CSF-barriären i blodet är en funktionell barriär som skiljer blodvävnaden och hjärnvätskan.
Blodhjärnbarriär och blod CSF-barriär är två skyddande barriärer i hjärnan. De är också viktiga för att transportera molekyler över hjärnan och perifera blodvävnader. Dessutom har båda barriärerna täta korsningar som underlättar överföringen av giftfria föreningar till hjärnan.