Huvudskillnaden mellan X-inaktivering och genomavtryck är att X-inaktivering är den process genom vilken en kopia av X-kromosom inaktiveras hos vissa kvinnor, medan genomprägling är en process som beror på ursprungsföräldern och det är den process där kopior av gener uttrycks differentiellt.
X-inaktivering och genomavtryck är två processer som kan leda till monoalleliskt uttryck. Med enkla ord orsakar båda fenomen att en kopia av en gen stängs av. Genomisk avtryck sker i specifika gener, medan X-inaktivering orsakar inaktivering av gener i hela X-kromosomen. Båda processerna resulterar dock i minskat genuttryck.
