Huvudskillnaden mellan hierarkisk och helgen hagelgevärssekvensering är att i hierarkisk hagelgevärssekvensering är genomet uppdelat i större fragment före sekvensering medan hela genomet hagelgevärssekvensering delas in i små fragment för sekvensering.
Sekvensering är en viktig teknik i molekylära processer, särskilt vid korrekt identifiering av arter. I själva verket är det tekniken att identifiera den exakta ordningen för nukleotider i en gen eller ett genom. Det finns många tekniker för sekvensering. Några av dessa inkluderar Maxam Gilbert-metoden, Sanger-metoden och den automatiserade Sanger-metoden.