Huvudskillnaden mellan kongen och isomer är att kongeneren hänvisar till kemiska föreningar som har liknande strukturer och liknande egenskaper. Under tiden avser isomer molekyler med samma kemiska formel men olika strukturer.
Termerna kongener och isomer hänför sig till grupper av föreningar som är grupperade enligt deras likheter. Termen kongener kan ha olika definitioner, men i kemi använder vi mestadels definitionen att stater kongener är kemiska föreningar med liknande strukturer och liknande egenskaper. Isomerer är å andra sidan föreningar med olika strukturer men liknande atomsammansättning; därför har de också olika egenskaper.
