Huvudskillnaden mellan äppelsyra och maleinsyra är att äppelsyra är en mättad dikarboxylsyra, medan maleinsyra är en omättad dikarboxylsyra.
Äppelsyra och maleinsyra är dikarboxylsyror. Detta betyder att dessa föreningar innehåller två karboxylgrupper (-COOH) i samma molekyl, bundna till två olika kolatomer. Skillnaden mellan äppelsyra och maleinsyra ligger på mättnaden (närvaron av dubbel- eller trippelbindningar betyder omättnad). Eftersom maleinsyra har en dubbelbindning mellan två kolatomer är det en omättad förening. Men det finns inga dubbla eller trippelbindningar mellan kolatomer i äppelsyra.