Huvudskillnaden mellan ortologa och paraloga gener är att ortologa gener är de homologa gener som finns i olika arter på grund av speciering, och de har samma funktion. Däremot är paraloga gener de gener som finns inom en enda art på grund av duplicering och de kan ha olika funktioner.
Homologi är processen att stiga ned från en gemensam förfader. Därför härrör homologa gener från gemensamma förfädergener. Ortologa och paraloga gener är två typer av homologa gener. Ortologa gener finns i olika arter. De har utvecklats på grund av speciering, och de kan utföra en liknande funktion. Däremot finns paraloga gener inom en enda art. De är ett resultat av genetisk duplicering och de kan ha olika funktioner.
