Huvudskillnaden mellan autolog och allogen stamcellstransplantation är att vid autolog stamcellstransplantation används egna celler vid transplantation, medan i allogen stamcellstransplantation matchas en donator före transplantation och sedan administreras.
Stamcellstransplantation är en teknik som främst används vid behandling av cancer. Vid stamcellstransplantation administreras stamcellerna med lämpliga avancerade egenskaper så att de utvecklas till immunologiska celler som kan förstöra cancerceller. Dess andra funktion är att skydda de icke-maligna cellerna i kroppen. Autolog och allogen stamcellstransplantation är två typer av stamcellstransplantationstekniker. Autolog stamcellstransplantation använder egna stamceller för transplantationen, medan allogen stamcellstransplantation använder stamceller från en matchad givare.