Huvudskillnaden mellan genetisk koppling och kopplingsskillnad är att genetisk koppling är tendensen hos två eller flera gener av samma kromosom att förbli tillsammans i arvsprocessen medan kopplingsskillnad är den icke-slumpmässiga föreningen av alleler på olika platser i en population.
Genetisk koppling och obalans mellan kopplingar är två begrepp i genetik som följer icke-mendelisk arv. Genetisk koppling avser det fysiska tillståndet att vara kopplat i en kromosom. Med enkla ord är det processen där gener ligger nära i en kromosom så att de alltid ärvs tillsammans till könsceller. Å andra sidan, i populationsgenetik, hänför sig kopplingsskillnad till den icke-slumpmässiga föreningen av alleler på olika platser i en population. Det är måttet på skillnaden mellan den observerade frekvensen för en viss kombination av alleler vid två loci och frekvensen som förväntas för den slumpmässiga föreningen.