Huvudskillnaden mellan auxin och cytokinin är att auxinet stimulerar rotförgrening medan cytokininet hämmar rotförgrening och lateral rotbildning. För att lägga till mer till detta är auxin huvudsakligen ansvarig för förlängning av celler i stammen och rotspetsarna, medan cytokininer är huvudsakligen ansvariga för celldelning och därför finns de i växande områden.
Fytohormoner, även kända som växthormoner, är viktiga kemiska ämnen för växtens tillväxt och utveckling. De är organiska molekyler, och de fungerar som signalmolekyler som reglerar växtutvecklingen. Det finns fem huvudtyper av växthormoner: auxin, gibberellin, cytokinin, eten och abscisinsyra. Således utför de olika funktioner ensamma och tillsammans för att påverka växtens tillväxt.