Huvudskillnaden mellan zooplankton och fytoplankton är att zooplankton är heterotrofisk icke-fotosyntetiserande plankton som antingen är protozo eller ett djur medan fytoplankton är autotrofisk fotosyntetisk plankton som antingen är en diatom, cyanobakterier eller alger.
Planktoner är de små organismerna som lever och flyter i haven, haven eller sötvattenförekomsterna. De flesta av dem är mikroskopiska och de är viktiga matkällor för större djur. Det finns två huvudtyper av planktoner, nämligen zooplankton och fytoplankton. Zooplanktons är heterotrofa, och de inkluderar djur som inte kan fotosyntesa. Å andra sidan är fytoplankton fotosyntetiskt plankton, vilket är autotrofiskt. Dessutom lagrar fytoplanktoner energi via fotosyntes och djurplankton och nekton (stora kroppar som aktivt rör sig i vattenpelaren) matar på dem. Människor och andra rovdjur matar på nekton och en del större djurplankton i stor skala. Även mänskliga aktiviteter som miljöföroreningar påverkar till stor del negativt på detta energiflöde som startar från fytoplankton.
